Atatürk Üniversitesi Eczacılık Teknolojisi Bölümü, eczacılık alanındaki eğitim ve araştırma faaliyetlerini üst düzeyde yürütmeyi hedefleyen bir kurum olarak misyon, vizyon ve temel değerlerini aşağıdaki gibi tanımlamıştır:

Misyon: Eczacılık teknolojisi alanında yüksek kaliteli eğitim vererek, öğrencilerini futureye hazırlamak, araştırma ve geliştirme faaliyetleri ile eczacılığın gelişimine katkıda bulunmak.

Vizyon: Eczacılık teknolojisi alanında ulusal ve uluslararası düzeyde tanınan, saygın bir bölüm olmak, eğitim ve araştırma alanındaki çalışmalarıyla topluma hizmet etmek.

Temel Değerler: Kalite, inovasyon, öğrenci odaklılık, akademik özgürlük, etik değerlere bağlılık, toplumun sağlık ihtiyaçlarına duyarlılık, sürekli eğitim ve gelişim.