Atatürk Üniversitesi Enfeksiyon Hastalıkları bölümünün temel amacı, hastalara kaliteli ve güvenli sağlık hizmeti sunarken, aynı zamanda eğitim ve araştırma konularında da liderlik yapmak olabilir.

Bölümün vizyonu, enfeksiyon hastalıklarının teşhis, tedavi ve önlenmesi alanlarında ulusal ve uluslararası düzeyde tanınmış bir merkez haline gelmek olabilir.

Temel değerler arasında hasta merkezli bakım, sürekli eğitim ve araştırma, ekip çalışması, hasta ve çalışan güvenliği, etik ve saygılı davranış yer alabilir.