Atatürk Üniversitesi Mikrobiyoloji bölümünün misyonu, öğrencilere mikrobiyoloji alanındaki temel kavramlar ve teknikler hakkında derinlemesine bilgi vermektir. Bölümün vizyonu ise geleceğin önde gelen mikrobiyologlarını yetiştirmek ve bilim topluluğuna katkıda bulunmaktır.

Bölümün temel değerleri arasında akademik mükemmellik, araştırma ahlakı ve toplum hizmetine yönelik bir yaklaşım yer almaktadır. Bölüm, öğrencilerin микробиoloji alanındaki gelişmeleri takip etmelerini ve bu alandaki sorunlara çözüm üretmelerini teşvik etmektedir.

Bu çerçevede bölümün hedefleri arasında mikrobiyoloji alanında yüksek kaliteli eğitim sunmak, araştırma projeleri yürütlemek ve toplumun mikrobiyoloji ile ilgili ihtiyaçlarına cevap vermek bulunmaktadır. Bölüm ayrıca, öğrencilere laboratuvar deneyimleri kazandırarak pratik becerilerini geliştirmeyi amaçlamaktadır.