Atatürk Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji bölümünün temel amacı, öğrencilere mikrobiyoloji alanındaki gelişmeleri takip edebilme ve uygulayabilme yetenekleri kazandırmak ve bu alanda üstün nitelikli bilim insanları yetiştirmektir.

Misyon olarak, toplumun sağlık ihtiyaçlarını karşılayabilecek, bilimsel ve teknolojik gelişmeleri izleyerek uygulayan, mikrobiyoloji alanında liderlik yapan bir bölüm olmak hedeflenmektedir.

Vizyon olarak, ulusal ve uluslararası düzeyde tanınan, mikrobiyoloji alanındaki araştırmalar ve uygulamalar ile toplumun sağlık hizmetine katkıda bulunan bir bölüm olmaktır.

Temel değerler olarak, öğrenci merkezli eğitim, bilimsel özgünlük, etik değerlere bağlılık, işbirliği ve sürekli öğrenme ve gelişme esas alınmaktadır.