Atatürk Üniversitesi’nin “örgün ve uzaktan eğitim yoluyla nitelikli bireyler yetiştirmek, bilime ve sanata evrensel düzeyde değer katan araştırmalar yapmak, bölgenin ve ülkenin sürdürülebilir kalkınmasına katkı sağlamak” öz görevine (misyon) bağlı kalarak Eğitim Bilimleri Enstitüsü programları çerçevesinde ülkemizin ve bölgemizin ihtiyaçlarını belirleyen ve bu ihtiyaçları karşılayan, uygulama ve proje odaklı, bölgesel kalkınmaya katkı sağlayan, ulusal ve uluslararası düzeyde araştırma yapabilme yeteneğine sahip bilim insanları yetiştirerek toplumsal fayda oluşturan bir enstitüdür. Atatürk Üniversitesi Eğitim Bilimleri Enstitüsünün temel misyonu, evrensel bilgi birikimine dayalı bilimsel eğitim öğretim ve araştırma etkinlikleri aracılığıyla lisansüstü düzeyde sosyal, kültürel, sanatsal ve bilimsel alanlara duyarlı, akademik yeterliğe sahip araştırmacılar ve uzmanlar yetiştirmektir.