Atatürk Üniversitesi bünyesinde 17 Kasım 1958 tarihinde Fen-Edebiyat Fakültesi kurulmuştur. Fen Grubunda, Matematik-Fizik Bölümü ve Tabii İlimler Bölümü olmak üzere iki bölüm vardı.

Fen Grubu Ziraat Fakültesinin FKB derslerinin yürütülmesini üstlenmişti. Kurulduğu yıllarda, bugünkü Şair Nefi Ortaokulunda faaliyetlerini sürdüren Fen-Edebiyat Fakültesi 1962-1963 öğretim yılı başında şu andaki kampüs içerisinde yer alan kendi binalarına taşınmıştır.

1969 yılında, Fen-Edebiyat Fakültesi, Fen Fakültesi, Edebiyat Fakültesi ve İşletme Fakültesi olmak üzere üç ayrı fakülteye ayrılmıştır. Biyoloji, Jeoloji, Fizik, Kimya ve Matematik şeklinde beş ayrı bölüm halinde organize olan Fen Fakültesi ise, 1970-1971 öğretim yılında da ilk kez Biyoloji Bölümüne 37 öğrenci alarak lisans düzeyinde eğitim ve öğretime başlamıştır.