Türkiye’de Veteriner Hekimliği öğretimine 1842 yılında askeri veteriner hekim Godlewsky tarafından açılan Askeri Baytar Mektebi ile İstanbul’da başlanmıştır. İlk sivil Veteriner Okulu 1889 yılında yine İstanbul’da kurulmuştur. Askeri ve sivil Veteriner Okulları 1921 yılında birleştirilmiş, 1928 yılında Yüksek Baytar Mektebi adını almıştır. Ankara’da 1933 yılında Yüksek Ziraat Enstitüsü’nün açılmasının ardından, İstanbul’da bulunan Yüksek Baytar Mektebi Ankara’ya nakledilmiştir. Ziraat  Vekâleti Vazife ve Teşkilat Kanunu’nun 1937’de yürürlüğe konmasıyla yasada geçen “veteriner” sözcüğüne uygun olarak Baytar Fakültesinin adı “Veteriner  Fakültesi” olarak değiştirilmiştir.

Atatürk  Üniversitesi Veteriner Fakültesi 30/05/1997 tarih ve 97/9535 sayılı Bakanlar  Kurulu Kararnamesiyle Erzurum’da kurulmuş olup, 04 Ağustos 1999 tarihinde de  kurucu Dekan olarak Prof. Dr. İsmet PAMİR atanmıştır. Yükseköğretim Kurulu  Başkanlığının 25/01/2000 tarihli Yürütme Kurulu toplantısında 2547 sayılı  Kanun’un 2880 sayılı Kanun’la değişik 7/d-2 maddesi uyarınca 3 Bölüm, 19  Anabilim Dalı kurulması uygun görülmüştür. Söz konusu bölüm ve anabilim  dalları; Veteriner hekimlik alanlarında gerek lisans ve gerekse yüksek lisans  eğitim ve öğretiminde söz sahibi olan Avrupa Birliği’ne akreditasyon  çalışmalarını Avrupa Birliği adına yürüten Avrupa Veteriner Eğitim Kurumları  Birliği (EAEVE) (European Association of Establishments for Veterinary  Education) ve Avrupa Veterinerler Federasyonu (FVE) (Federation of  Veterinarians of Europe)’nun önerileri doğrultusunda Dekanlığımızın teklifi ile  13/04/2007 tarihli Yükseköğretim Genel Kurulu toplantısında incelenmiş ve 2547  sayılı Kanun’un 2880 sayılı Kanun’la değişik 7/d-2 maddesi uyarınca Fakültemiz  bünyesinde 3 olan bölüm sayısı 5, 19 olan Anabilim Dalı sayısı ise 20 olmuştur.  Ayrıca Gıda Hijyeni ve Teknolojisi Bölümü bünyesinde Veteriner Halk Sağlığı  Anabilim Dalı’nın açılmasıyla Fakültemizde Anabilim Dalı sayısı 21’e  çıkarılmıştır.