Atatürk Üniversitesi İlahiyat Fakültesi, İslami İlimler Fakültesi olarak, Atatürk Üniversitesi Yönetim Kurulu’nun 21.11.1969 tarih ve 32 sayılı kararına istinaden, Başbakanlık Devlet Planlama Teşkilatının 04.12.1970 tarih ve 16146 sayılı uygundur görüşü ile 12 Mart 1971 tarihinde kurulmuş olup, tedrisata 1971-1972 ders yılında başlamıştır. 22.06.1982 tarih ve 41 sayılı Kanun Hükmündeki Kararname’nin 20 Temmuz 1982 tarih ve 17760 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanmasıyla İslâmi İlimler Fakültesi ile Milli Eğitim Bakanlığı’na bağlı Erzurum Yüksek İslâm Enstitüsü birleştirilerek İlahiyat Fakültesi adıyla Atatürk Üniversitesi’ne bağlanmıştır.

İslami İlimler Fakültesi 1971 yılında açılmış olup kendi binasına 1981 yılında taşınmıştır. 1971-1972 eğitim öğretim yılında İslami İlimler Fakültesi adı ile kurulan, 20 Temmuz 1982 yılında çıkarılan kanun hükmünde kararname ile İlahiyat Fakültesi adı altında eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdüren fakültemiz, görevlerini 2547 sayılı Kanun’un 12. maddesine göre yapmaktadır.

Fakültenin ilk açıldığı sıralarda öğretim elemanları bir müddet Edebiyat Fakültesi’nin bir odasında çalışmalarını sürdürmüşler, daha sonra, Tıp Fakültesi Morfoloji binasına geçilmiş, ilk iki yıllık eğitim-öğretim (1971-1973) bu binada sürdürülmüştür. Müteakiben, Tıp Fakültesi Araştırma Hastanesinin zemin katına idare ve sınıflar olarak taşınılmış ve burada 1,5 yıl eğitim-öğretim yapılmıştır. Daha sonra fakülte idaresi ve akademik personel 1976 yılında İşletme Fakültesi’nin üst katına taşınmıştır. Bu sırada eğitim-öğretim faaliyetleri, kısmen Ziraat Fakültesi’nde kısmen de İşletme Fakültesi dershanelerinde sürdürülmüştür. Fakültemiz 1981 yılı başlarında hizmete açılan kendisine ait binada eğitim-öğretim hizmetini sürdürmeye başlamıştır.

Eğitim-öğretim faaliyetleri, 20 Temmuz 1982’de yayınlanan 42 sayılı kanun hükmündeki kararname ile kurulan İlahiyat Fakültesi’nde, kendi binasında sürdürülmektedir. Halen fakültede biri eğitim-öğretim binası, diğeri idare binası olmak üzere iki binada eğitim-öğretim faaliyetleri sürdürülmektedir. Eğitim dili Türkçe’dir.